В 1282 году, согласно приказу святого князя, благоверного Даниила Московского, был основан мужской Свято-Данилов монастырь. Но обитель просуществовала совсем недолго – по преданию, уже через несколько лет она была переведена в Кремль и переименована в Спасский монастырь. Имеется и другая версия: святой князь Даниил перед смертью принял монашество и был похоронен в своей обители в 1303 году.
Согласно Степенной книге, как историческому и литературному источнику, в XV веке на месте монастыря находилась церковь, освященная в честь Даниила Столпника — небесного покровителя святого благоверного князя Даниила Московского. Монастырская жизнь вернулась на сие место только при Иоанне Грозном, в 1560 году. Есть предположение, что Данилов монастырь в Москве возведен на месте старого некрополя. В 1561 году монастырский каменный храм был освящен в честь святых отцов семи Вселенских Соборов. Данилов монастырь в Москве подвергся частичному разрушению в 1610 году, связанному с поджогом, организованным Лжедмитрием II. В начале XVII века вокруг обители была воздвигнута каменная стена с башнями. Сохранились сведения, что в 1710 году монастырская братия насчитывала 30 монахов.
Несмотря на то что в 1918 году монастырь фактически был закрыт, монашеская жизнь продолжалась вплоть до 1930 года. В 20-х годах в стенах святого монастыря пребывали многие епископы, назначенные Патриархом Московским Тихоном, но не допущенные к епархиальному управлению в силу препятствия светских властей. В 1929 году было принято официальное постановление о закрытии монастыря, а в его стенах был обустроен приемник-распределитель НКВД. Вскоре была безжалостно разобрана колокольня, но, к счастью, колокола удалось спасти от переплавки (благодаря стараниям Чарльза Крейна, американского дипломата и промышленника). До 2007 года они находились в стенах Гарвардского университета, после чего вновь были возвращены на родину. При закрытии святой обители часть монастырских рукописей, хранившихся в библиотеке, были переданы в московские архивы (в настоящее время они находятся в РГАДА). С 1930 года в стенах монастыря располагался изолятор для детей политических преступников и репрессированных. Властями СССР было приказано всех детей, оставшихся без родителей вследствие репрессий, свозить в детский приемник. Условия, в которых жили сироты, были нечеловеческими: из-за отсутствия надлежащего питания и ухода многие болели и умирали, их хоронили здесь же — на бывшем монастырском кладбище.
После 1930 года мощи святого Даниила Московского были перенесены за стены монастыря, в храм Воскресения Словущего. Вместе с закрытием этого храма в 1929 году исчезает последняя информация о дальнейшем перемещении святых мощей, и до сих пор остается неизвестным их местонахождение. Возрождение святой обители В 1983 году указом правительства СССР было принято решение вернуть Свято-Данилов монастырь в церковное владение. Кроме того, было также разрешено запустить строительство новых сооружений, необходимых для служебного пользования. После возвращения монастыря в родную церковную гавань первым наместником его стал архимандрит Евлогий (Смирнов). Обитель стала возрождаться и постепенно восстанавливалась на средства, приходившие как от московских церковных приходов, так и от всех епархий Патриархата. Специальная комиссия, ответственная за реставрацию и восстановление монастыря, была организована и назначена на заседании Священного Синода. Восстановительные работы возглавил архитектор И. И. Маковецкий. Монастырские богослужения начали вновь совершаться с Великого поста 1984 года. В 1985 году было произведено первое освящение престола нижнего Покровского храма. В этом же году в новый братский отреставрированный корпус переехал ОВЦС. В честь празднования 1000-летия Крещения Руси в монастырских стенах совершались торжественные праздничные мероприятия. В Неделю Всех Святых была отслужена праздничная литургия, в сослужении нескольких патриархов (в богослужении участвовали Антиохийский, Иерусалимский, Московский, Грузинский, Румынский, Болгарский патриархи и множество архиереев).
В марте 2007 года было достигнуто соглашение о возвращении в Москву ансамбля колоколов Даниловской звонницы, благодаря усердию предпринимателя Виктора Вексельберга, принявшего на себя все расходы по проекту.
