«Музей Героев » впервые был создан Фондом поддержки Героев в июне 2001 года и находился по адресу: ул. Кржижановского, д. 17, корп. 1. Его торжественное открытие состоялось 20 марта 2002 год, в день десятилетия учреждения звания Героя Российской Федерации.
С учетом востребованности деятельности музея по героико-патриотическому воспитанию молодежи в конце 2006 года было завершено строительство целевого здания «Музея Героев» по адресу: ул. Большая Черёмушкинская, д. 24, кор. 3.

Согласно постановлению Правительства г. Москвы от 1 августа 2006 года № 14991-РП «Музей Героев Советского Союза и России» вошел в состав «Музея–панорамы «Бородинская битва» на правах отдела.

1 декабря 2007 года «Музей Героев Советского Союза и России» был открыт для посетителей.